在1861年至1865年成立之初，曾连续进行过三次设计，成为美国同盟国（“同盟国”或“同盟国”）的官方国旗。

自美国南北战争结束以来，在美国的哲学，政治，文化和种族争议下，邦联的旗帜以及带有衍生设计的旗帜的私下和官方使用一直在继续。这些包括在状态中显示的标志。城镇，县；学校，学院和大学；私人组织和协会；和个人。

密西西比州州旗在州或左上角设有同盟军的战旗，这是美国目前唯一这样做的州旗。佐治亚州的州旗与联邦的第一面国旗“星条旗”非常相似。从1956年到2001年，一直使用采用了Confederate战旗的先前设计。

联邦的第一面官方国旗是“星条旗”，通常从1861年3月4日至1863年5月1日飘扬。它是由德国/普鲁士艺术家尼古拉·马绍尔（Nicola Marschall）在阿拉巴马州马里恩设计的，与奥地利的国旗相似，而Marschall会很熟悉。 “星条旗”标志于1861年3月4日在阿拉巴马州蒙哥马利的第一个临时国家首都首都被采用，并在该联盟的第一座国会大厦的圆顶上举起。马绍尔还设计了同盟军制服。

北卡罗莱纳州路易斯堡的一座纪念碑称“星条”是由北卡罗来纳州的儿子奥伦·伦道夫·史密斯设计的，由凯瑟琳·里贝卡（墨菲）温伯恩在他的指导下制成。/转发给了阿拉巴马州的蒙哥马利。 1861年2月12日，/ 1861年3月4日临时议会通过。”

临时同盟国会的第一批法案之一是成立由南卡罗来纳州国会议员兼食火者威廉·波彻·迈尔斯（William Porcher Miles）主持的船旗委员会。该委员会要求公众提出有关该主题的想法和观点，正如历史学家约翰·科斯基（John M. Coski）所说，该委员会“对不放弃美国'旧国旗'的要求不知所措”。迈尔斯已经设计了一个旗帜，后来被称为同盟战旗，他更喜欢自己的旗帜，而不是“星条旗”提案。但是，由于人们普遍支持与美国国旗相似的国旗（“星条旗”-最初于1777年6月在革命战争期间建立和设计），“星条旗”设计得到了委员会的批准。

当美国内战爆发时，“星条旗”在第一次公牛奔跑战役中在战场上引起混乱，因为它与美国国旗相似，尤其是当它悬挂软弱地悬挂在旗杆上时。由于意识形态上的原因，“星条旗”也与美国国旗相似。许多同盟国不喜欢星空酒吧，将其视为同盟国家为了维护奴隶制而脱离中央集权制的象征。早在1861年4月，即采用该国旗的一个月后，一些人就开始批评国旗，称其为美国国旗的“奴役模仿”和“讨厌的模仿”。 1862年1月，乔治·威廉·巴比（George William Bagby）为《南方文学信使》（Southern Literary Messenger）写作，写道许多同盟者不喜欢那面旗帜。巴比写道：“每个人都想要一个新的邦联旗帜。” “目前的举动普遍令人讨厌。它像洋基旗一样，足以使它变得不可憎恶。”查尔斯顿水星号的编辑表达了类似的观点：“人们似乎普遍认为，'星条旗'永远不会为我们效劳。它们太像不光彩的'扬基·迪奇旗帜'了……我们想像'战役'旗帜将广受好评。总部位于萨凡纳的《每日早报》的编辑威廉·T·汤普森（William T.Thompson）也反对该旗帜，因为它与美国旗帜在美学上相似，在某些同盟国中，它与解放和废奴主义有消极联系。汤普森（Thompson）在1863年4月表示，他不喜欢所采用的旗帜，“因为它与我们所反对的废除专制主义的旗帜相似”。

在联邦使用旗帜的过程中，旗帜所在州增加了额外的星星，最终使旗帜上的星星总数达到了13个。这反映出邦联声称已接纳肯塔基州和密苏里州加入邦联。尽管他们在会议期间代表联邦参加会议，并且影子政府由被罢免的前州政客组成，但两个州都从未受到邦联的完全控制或管理。 13星标志的第一次展示是在肯塔基州巴兹敦的本·约翰逊故居外； 13颗星的设计也被用作同盟海军的战斗少尉。