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Ein Zapfen (im formalen botanischen Sprachgebrauch: Strobilus, Plural Strobili) ist ein Organ an Pflanzen der Division Pinophyta (Nadelbäume), das die Fortpflanzungsstrukturen enthält. Der bekannte Holzkegel ist der weibliche Zapfen, der Samen produziert. Die männlichen Zapfen, die Pollen produzieren, sind normalerweise krautig und selbst bei voller Reife viel weniger auffällig. Der Name "Kegel" leitet sich von der Tatsache ab, dass die Form bei einigen Arten einem geometrischen Kegel ähnelt. Die einzelnen Platten eines Kegels werden als Schuppen bezeichnet.

Der männliche Zapfen (Microstrobilus oder Pollenzapfen) ist strukturell über alle Nadelbäume hinweg ähnlich und unterscheidet sich von Art zu Art nur geringfügig (meist in Skalenanordnung). Von einer Mittelachse aus erstrecken sich Mikrosporophylle (modifizierte Blätter). Unter jedem Mikrosporophyll befindet sich eine oder mehrere Mikrosporangien (Pollensäcke).

Der weibliche Zapfen (Megastrobilus, Samenkegel oder Eisprungkegel) enthält Eizellen, die, wenn sie durch Pollen befruchtet werden, zu Samen werden. Die weibliche Zapfenstruktur variiert stärker zwischen den verschiedenen Nadelbaumfamilien und ist häufig entscheidend für die Identifizierung vieler Nadelbaumarten.

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